Az ősi várost az Andros szigetéről érkező jón telepesek alapították az i.e. 7.sz-ban, Orthagoria néven. Később az Evia szigetről érkező Halkidaiak telepedtek le. A perzsa háborúk után az Athéni Szövetséghez, később a Halkidiki Szövetséghez csatlakozott. II. Philipposz teljesen lerombolta a város, bár később Arisztotelész miatt, aki a város szülötte és fia, Nagy Sándor tanítója volt, ujjá építette.

A római korban teljesen elnéptelenedett. Az 1990-ben elkezdett ásatások néhány ókori és középkori emléket fedeztek fel, egy fellegvár maradványait, városvédő falakat és egy kerek erődítményt, négyszögletes tornyokkal. A Polygiros Régészeti Múzeumban megtekinthető az összes feltárt emlék.

I.e.348-ban itt született Arisztotelész, tanulni Athénba ment Platon Akadémiájára. Platon lett a mentora, haláláig együtt tanult a nagy filozófussal. II. Phylipposz kérésére visszatért Makedóniába és Nagy Sándor tanítója lett.

Megalapította a Perpatitikos Iskolát, filozófiát tanított, úgy hogy az oktatás a szabadban, séta közben történt. (peripatos görögül sétát jelent). I.e. 322-ben halt meg Evia, Halkida városában. Maradványait visszaszállították szülőhelyére, nagy pompával temették el, sírjára oltárt emeltek.

Arisztotelész valóban az egyik legnagyobb nemzetközi személyiség volt. Nemcsak a logika és a tudomány alapjait teremtette meg, meghatározta a politika alapelveit is. 2016-7-es éveket az Unesco Arisztotelészi évfordulóknak nyilvánította. Most, 2400 évvel később az Arisztotelész Önkormányzat Stagira városában, megnyitotta az Arisztotelészi ösvényt a nyilvánosság számára. A 12 km hosszú ösvény Stagira óvárosától, az ókori romoktól indul és egészen a mai belvárosig tart.